Bayraklı’da yer alan höyük, Smyrna’nın ilk kurulduğu yerdir. Bayraklı Höyüğü (İÖ 3. bin-300) kayalık bir tepe ve üzerindeki yerleşme tabakalarından oluşur. Burada ele geçen en erken buluntular İÖ 3000'e ait seramik parçalarıdır. İlk yerleşme Eski Tunç Çağı’na aittir. Tunç Çağları’ndaki yerleşmeler höyüğün küçük bir bölümünü kaplıyorken, Hellen çağlarında yerleşim, bugün modern duvarlarla çevrili sit alanının çok daha dışına taşmaktadır. Buradaki ilk bilimsel çalışmalar Profesör Ekrem Akurgal tarafından İngiliz-Türk üyelerden oluşan bir heyet ile 1948-1951 arasında gerçekleştirilmiştir. 1966 yılında tekrar başlayan kazılar 1966-1992 arasında Ord. Prof. Dr. Ekrem Akurgal tarafından yapılmış ve 1993’ten itibaren de Prof. Dr. Meral Akurgal tarafından sürdürülmektedir. Smyrna Kenti, höyük üzerinde İÖ 11. yüzyılda bir Aiol kenti olarak kurulmuş ve İÖ 1000-300 arasındaki 700 yıllık süreç içerisinde gelişmiştir. İÖ 11. ve 9. yüzyıllar arasında tek odadan oluşan bahçe içinde evlerle Smyrna, köy düzeninde bir yerleşmedir. Planı ve tarihi kesin olarak bilinen Batı Anadolu’nun en eski evi buradaki Oval Ev’dir.
Eski İzmirliler kentlerini, İÖ 9. yüzyıldan itibaren kerpiç tuğlalarla örülmüş bir sur ile korumaya başlamışlardır. İÖ 9. ve 8. yüzyıllardan itibaren bir kent-devlet kimliğini taşıyan Eski İzmir’i Basileus adı verilen bir bey idare etmekteydi. Homeros’un İlias’ta bahsettiği gibi burada da halkın başta gelen geçim kaynağı tarımdı. Küçük Yamanlar Dağı’nın eteklerinde ve ovada oturan halk toprak işliyor, bağcılık, zeytin ve hayvancılıkla uğraşıyordu. Her aile kendisi için gerekeni üretiyordu. Bu nedenle ticaret henüz gelişmemişti.
Smyrna’da özellikle İÖ 750-550 tarihleri arasında, mimarlık alanında büyük bir atılım gerçekleşir. Aiol düzenindeki sütun başlıkları ile Anadolu’nun en eski Athena Tapınağı burada inşa edilmiştir. Athena Tapınağı (İÖ 725 – 546) Aiol düzeninde 6x10 sütunlu bir peripterostur. MÖ 546’da olagelen Pers saldırısı ile tapınak işlevini yitirir. Bu tarihten sonra kullanılmamıştır. Athena Tapınağı’nın güneydoğu köşesinde bir tapınak yapısının temelleri daha vardır. İÖ 650-546 tarihlerinde Aiolis Bölgesi’nin önemli bir yerleşmesi olan Smyrna bu süreçte görkemli taş surlar ile çevrilidir. Ege’deki Aiol ve İon yerleşmeleri içerisinde mükemmel taş işçiliğiyle yapılmış en güzel ve en eski sur örneği (İÖ 7.yy ilk yarı) Smyrna Kenti’ni kuşatır. Surun kuzeydoğu köşesinde kentin girişi yer alır. İÖ 6. yüzyıl başlarında Arkaik surun dışına ikinci bir sur daha inşa edilmiştir. Her iki surun arasında İÖ 7. yüzyıl sonu ve 6. yüzyıl ortası arasındaki kısa dönemde kullanılan bir gömü alanı vardır. Höyüğün güneydoğu köşesinde hem kente, hem de kent dışına hizmet veren anıtsal çeşme (İÖ 7. yy. Son dörtlük) yapısı yer alır. Bindirme tekniğinde andezit taştan inşa edilmiştir. Çeşme, yapım tekniği ve anıtsal binası ile Adalar ve Yunanistan da dahil olmak üzere Batı Dünyası’ndaki bu tür mühendislik yapılarının günümüze kadar korunmuş şimdilik en erken ve en eski örneğidir.
İÖ 7. yüzyılın ikinci yarısında ev mimarisi gelişme gösterir. Evlerin hepsi megaron türünde yapılardır. Toplantı Megaronu ve Çifte Megaron bunların en güzel örnekleridir. Bunlar Doğu Helen mimarisinin ünik eserleridir. Bu arada Smyrnalı’lar tarımcılıkla yetinmeyip Akdeniz ticaretine katılırlar. Smyrna’nın İÖ 7. yüzyıl sonundan itibaren İÖ 4. yüzyıl da dâhil olmak üzere kullanılan, bir ana caddesi ve bu caddeye dik olarak ulaşan birbirlerine paralel sokakları vardır. Eski Smyrnalı mimarlar Batı Dünyası’nın ilk ve en eski geometrik dokulu, ızgara biçimli kent planını burada geliştirmişlerdir. Bu bağlamda Smyrna, gün ışığına çıkarılan surları, çok odalı banyolu evleri, kutsal yapıları, anıtsal çeşmesi gibi önemli kalıntıları ve geometrik dokulu kent planı ile Batı Anadolu’nun Arkaik Dönem arkeolojisi için ideal bir kent örneğidir.
Smyrna Kenti İÖ 546 tarihlerindeki Pers saldırısı ile bir duraklama sürecine girer. İÖ 400-330 tarihleri arasında kent yeniden canlanıp gelişmeye başlar. İÖ 5. yüzyılda höyük üzerinde küçük ancak zengin bir yerleşme vardır. İÖ 4. yüzyıl yapı katında üç büyük yapı kompleksi yer alır. Evler, ortada bir avlu etrafına dizilmiş odalardan oluşur. İÖ 5. ve 4. yüzyıllarda yoğun iskân gören Smyrna, bir kral ya da bir tiran tarafından demokratik olarak idare edilmiştir. İÖ 4. yüzyılın sonlarına doğru yeni Smyrna Kenti, antik kaynaklardan da bilindiği gibi körfezde, Bayraklı’dan 20 stadion uzaktaki Pagos’ta (Kadifekale) kurulur.
