Şeker Portakalı 5 yaşındaki Zeze isimli bir çocuğun acı hikayesini anlatıyor. Çok fakir bir ailenin çocuklarından biri olan ve 5 yaşında olmasına rağmen hayal gücü ve zekası çok gelişmiş olan Zeze çok yaramaz bir çocuktur ve o yüzden mahalle için şeytan olarak anılmaktadır. Çok meraklı olan ve çevresindeki her şeyi keşfetmeye çalışan bu çocuğun diğer ilginç noktası ise okumayı çok erken çözmesidir. Bu yüzden öğretmeni tarafından sevilen ve Zeze’nin şeytan olmadığı bir tek öğretmeni kendisi gibi sarışın olan ablası inanmaktadır. Zeze’nin babası işsizdir ve aile bu yüzden büyük bir fakirlik çeker. Taşınmak zorundadırlar ve bu Zeze’ye acı verir. Bu acısını azaltmak içinde Zeze’den bir şeker portakalı fidanı seçmesi istenir. Zeze’ de bir tane seçer ve kendi ağacı olduğu için ona ilgi gösterir. Fakat bu şeker portakalı fidanının başka bir özelliği daha vardır. O da Zeze ile konuşmasıdır. İkili bu sayede çok iyi arkadaş olur ve Zeze tüm gün yaptıklarını şeker portakalı fidanına anlatmaya başlar. Yeni yıl yaklaştığında Zeze de her çocuk gibi hediye bekler. Fakat ailesi çok fakir olduğu için pek umudu yoktur. Buna rağmen pabuçlarını kapının önüne koyar ve odasında beklemeye başlar. Gelenek olarak babası kapının önüne hediye koyması gerekir ve Zeze merakına yenilerek hediye var mı diye kapıyı açar. Tahmin ettiği gibi hediye yoktur fakat karşısında babası ıslak gözler ile ona bakar. O an babasının acısını hisseder fakat artık çok geçtir. Yaptığı bu davranışı ile babasını çok üzmüştür ve bunu telafi etmek için babasına hediye almaya karar verir. Bunun içinde ayakkabı boyama kutusu alır ve yollara düşer. İşler pek iyi gitmez ama yine de bir şekilde hediye için gerekli parayı bulmayı başarır. Hediyeyi alıp babasına verdiğinde artık ondan mutlusu yoktur. Onun içinde hem bir şeytan hem de bir melek vardır. Bir taraftan herkes yaramazlıkları ile ona bela okurken diğer taraftan öğretmeninin masasındaki vazo boş kalmasın, öğretmeni üzülmesin diye çabalayan bir çocuktur Zeze. En büyük hayallerinden bir tanesi ise yarasa gibi kasabanın en havalı arabası olan Portekizlinin arabasının arkasına asılarak rüzgarı hissetmektedir. Bir gün cesaretini toplar ve bunu dener. Fakat denemesi ile başarısız olması ve Portekizliden dayak yemesi bir olur. O gün büyüdüğünde Portekizliyi öldüreceğine dair yemin eder. Bundan sonra günlerini artık Portekizliden saklanarak geçirir ve Portekizli ona pek rahat vermez. Arabası ile hava yapması Zeze’yi daha da kızdırır ama elinden bir şey gelmez. Bir gün yaramazlık ederken kendini keser ve bunu dayak yememek için ailesinden gizler. Okula toparlayarak giderken Portekizli bunu fark eder ve onu arabasına alır. Okula gitmek yerine Zeze’yi eczaneye götürür ve yarasına baktırır. Daha sonrada ona limona ile pasta ısmarlar. Portekizlinin kötü biri olmadığını anlayan Zeze onunla dost olmaya karar. Bundan sonraki günlerini de sürekli Portekizli ve arabası ile geçirir. Portekizli ile öyle yakınlaşmışlardır ki artık onu babası gibi görmeye başlar. Hayatında sevdiği tek kişi Portekizli olmuştur. Zeze yaramazlıklarına devam eder ve ailesi de onu sürekli döver. Artık Zeze’yi dövmek alışıla gelmiş bir hale gelir. Fakat zamanla dayağın dozu kaçar ve ablası ile babası Zeze’yi çok kötü döver. Öyle ki Zeze dışarı çıkamaz hale gelir. Bir anlamda artık ölmeyi istemektedir ve bunun için tek yok olarak da trenin önüne atlamayı düşünür. O bunun planını kurarken kötü haber gelir. Portekizli arabasının içinde iken tren arabasına çarpmıştır. Araba paramparça olmuştur ve Portekizli ölmüştür. Hayatındaki en sevdiği kişiyi kaybetmek Zeze’yi yaşayan bir ölü haline getirir. Tam o sırada şeker portakalının yol yapımı için kesileceği söylentisi de çıkmıştır. Tüm aile Zeze’nin bu yüzden bunalıma girdiğini düşünür. Zeze öyle kötü olur ki tüm kasaba haline acır ve bir zamanlar şeytan diye çağırdıkları Zeze’yi ziyarete gelirler. Fakat hiç bir şey Zeze’yi kendine getiremez. Bir tek en iyi arkadaşı olan şeker portakalı fidanı ile konuşur. Fakat onun da ömrü artık sınırlıdır. Zeze bir şekilde hayatına devam etmek zorundadır…
