Laktoz (süt şekeri) birçok gıdada bulunan, normalde ince bağırsakta laktaz enzimiyle bileşenleri olan galaktoz ve glikoza parçalanan bir disakkarittir. Yalnızca, monosakkarit olan bu moleküller ince bağırsak duvarı boyunca emilebilir. Laktaz enzimi eksikliğinde, laktoz yıkılamaz ve dolayısıyla emilemez. Laktoz, sindirilmemiş olarak kolonda kalarak normalde orada bulunan bağırsak bakterilerince fermente edilir. Bu nedenlerle, laktoz intoleransı enzim yetersizliğine bağlıdır ve immün sistemin süt bileşenlerine karşı reaksiyon verdiği süt alerjisiyle karıştırılmaması gerekir.