Bağırsak floramızdaki bakterilerin sağlığımıza pek çok olumlu etkisinin olduğu uzun zamandır yapılan araştırmalarla kanıtlanmıştır. Bu etkilerin arasında, bağışıklık sistemimize olan pozitif etkiler, kalp ve damar hastalıklarındaki önleyici ve tedavi edici rolü ve son zamanlar da araştırılan beynimizin çalışmasına ve hafızaya olan faydaları bulunur. Yapılan pek çok çalışma ile, bitkisel lif açısından zengin gıdalar tüketmenin bağırsak florasının çeşitliliğini arttırdığı kanıtlanmıştır. Bağırsak florasının çeşitliliğinin artması ile hidrolitik bakterilerinin oranı artar ve kısa zincirli yağ asidi üretimi de buna bağlı olarak artar. Yüksek lif içeren gıdaların tüketimi Aktinobakterler ve Bakteroid türlerinin görülmesi ile ilişkilendirilmiştir. Örneğin yapılan bir çalışmada, lif açısından zengin 3 farklı tam tahıl diyeti (arpa, kahverengi pirinç ve ikisinin kombinasyonu şeklinde) uygulanmış ve elde edilen sonuçlara göre, bu diyetlerin bağırsak florasındaki yararlı bakteri (probiyotik bakteriler) oranlarını arttırdığı gözlenmiştir. Özellikle tam buğday tahıllarının bir probiyotik bakteri olan Bifidobakterlerin sayısını arttırdığı gözlenmiştir. Probiyotik bakteri sayısında artışa neden olan bir bileşen yada bir gıda ürünü prebiyotik aktivite ile ilişkilendirilir ve potansiyel prebiyotik olarak kabul edilir. Yapılan bir çalışmada prebiyotik bir bileşen olan glukooligosakkarit kullanımı sonucunda Bifidobakterlerde artış ve Klostiridium bakteri grubunda ise azalma gözlenmiştir. Diyetimizde fazla miktarda protein alımının Bakteroidler, Alistip ve Bilofila bakteri gruplarında artışa neden olduğu gözlenmiştir ve Ruminokoklar, Eubakterler gibi bitkisel polisakkaritleri metabolize eden bakterilerin sayısında ise azalma gözlenmiştir. Görüldüğü gibi, tükettigimiz gıdaların ve diyetimizdeki protein, karbonhidrat ve yağ oranının ve bitkisel yada hayvansal ağırlıklı beslenme düzeninin bağırsak florasında önemli değişimlere sebep olduğu pek çok çalışma ile kanıtlanmıştır. Ayrıca bağırsak florasındaki bakteriler ürettikleri nörotransmitter maddeler ve kısa zincirli yağ asitleri sayesinde beyin aktivitelerini doğrudan yada dolaylı olarak etkilediği görülmüştür. Işte bu nedenle bağırsak florasına ikinci beyin denilmektedir
