Mustafa Kemal Paşa, Amasya Genelgesi’nin ilgililere duyurulmasının ardından, yapılacak olan kongreye katılmak üzere Erzurum’a geldi. Bu durumdan büyük rahatsızlık duyan İstanbul Hükümeti 8-9 Temmuz 1919 gecesi Mustafa Kemal’e telgrafla resmi memuriyetine son verildiğini bildirdi. Mustafa Kemal Paşa’da Harbiye Nezareti`ne ve Padişah`a, resmi vazifesiyle beraber askerlik mesleğinden istifa ettiğini bildiren bir telgraf gönderdi. Erzurum ve Sivas Kongreleri ile birlikte Milli Mücadele büyük bir hız kazandı. 23 Nisan 1920’de ilk Büyük Millet Meclisi açıldı.
İzmir’i işgal eden Yunan kuvvetlerinin ilerlemesi 1921’de yapılan I. ve II. İnönü Muharebeleriyle durduruldu. Ancak Yunan kuvvetleri tekrar hazırlıklarını tamamlayıp 10 Temmuz 1921’de iki ayrı cepheden taarruza geçerek Türk ordusunu yok etmek istediler. Mustafa Kemal Paşa, 18 Temmuz 1921’de Batı Cephesi karargâhına gelerek durumu yakından inceledi. Taktik savunma yapmak amacıyla ordunun Sakarya’nın doğusuna çekilmesini uygun gördü. Böylece Türk ordusu, Yunan taarruzundan etkilenmeyecek ve savunma gücünü artırabilecek bir fırsat elde etmiş olacaktı. Son çare ve son tedbir olarak Mustafa Kemal Paşa’nın ordunun başına geçmesi gerektiği fikri ağırlık kazandı. Bunun üzerine Meclis, 5 Ağustos 1921’de Mustafa Kemal Paşa’ya, “Başkomutanlık” verdi. Mustafa Kemal Paşa, 12 Ağustos 1921’de Polatlı’daki Cephe Karargâhına giderek ordunun başına geçti. 14 Ağustos sabahı ilerlemeye başlayan Yunanlılar 23 Ağustos’ta Sakarya ırmağının kıyısında Türk ordusu ile karşı karşıya geldiler. Yirmi iki gün, yirmi iki gece süren şiddetli çatışmaların ardından Yunan ordusu mağlup olarak geri çekilmeye başladı (13 Eylül 1921).
Savaşın kazanılmasının ardından, “Garp Cephesi Komutanı” İsmet (İnönü) Paşa ile Genelkurmay Başkanı Fevzi (Çakmak) Paşa, cepheden, “Edirne Mebusu İsmet ve Kozan Mebusu Fevzi” imzalarıyla Meclis`e 15 – 16 Eylül 1921’de gönderdikleri tarihi önergeyle, Mustafa Kemal’e “Mareşal” rütbesi ile “Gazi” unvanı tevcihini önerdiler. Türkiye Büyük Millet Meclisi de 19 Eylül 1921 tarihinde yaptığı toplantıda Başkomutan Mustafa Kemal Paşa’yı, Sakarya Savaşı’nda elde ettiği büyük başarıdan dolayı askeri rütbelerin en büyüğü olan “Mareşal” rütbesi ve “Gazi” unvanı ile onurlandırdı. “Mareşal” rütbesi ve “Gazi” unvanı verilen Başkomutan Mustafa Kemal Paşa, Meclis’e şöyle teşekkür etti: “… Kazanılan bu başarı, Yüksek Heyetinizin iradesiyle kuvvet bulan ordumuzun iradesi sayesinde, düşman ordusunun iradesinin kırılması suretiyle belirmiştir. Bu sebeple ödüllendirişinizin gerçek muhatabı yine ordumuzdur.” Mustafa Kemal, 20 Eylül 1921’de orduya yayımladığı bildiride ise şunları kaydetti: “…Zaferden dolayı sizin kahramanlıklarınızla, sizin gösterdiğiniz nihayetsiz fedakârlıklar pahasına kazanılan bu büyük muzafferiyetlerin millet tarafından takdirini gösteren bu rütbe ve unvanı, ancak size mal ederek bütün askerlik hayatımın en büyük iftihar sermayesi olarak taşıyacağım.” Türk ordusu, yurdu tamamıyla düşman işgalinden kurtarmak için 26 Ağustos 1922’de taarruza başladı. Mustafa Kemal Paşa’nın yönettiği “Başkomutan Meydan Muharebesi”nde (30 Ağustos 1922) Yunan ordusunun büyük kısmı yok edildi. Türk ordusu 9 Eylül 1922’de İzmir’e girdi. 11 Ekim 1922’de Mudanya Ateşkes Antlaşması imzalandı ve İtilaf Devletleri işgal ettikleri Türk topraklarından çıktılar.
